Krzysztof Kolumb odkrył Nowy Świat dla Królestwa Kastylii i Leonu w 1492 roku. Prywatni poszukiwacze przygód zawarli potem kontrakty z Koroną Hiszpańską na podbój nowo odkrytych ziem w zamian za przychody z podatków i władzę. W pierwszych dziesięcioleciach po odkryciu nowych ziem, Hiszpanie skolonizowali Karaiby i ustanowili centrum operacji na Kubie. Słyszeli oni pogłoski o bogatym imperium Azteków znajdującym się na zachodzie kontynentu

W 1519 roku Hernán Cortés wypłynął z jedenastoma statkami, aby zbadać wybrzeże Meksyku. W sierpniu 1521 roku stolica Azteków, Tenochtitlan, przypadła Hiszpanom. Jeden z żołnierzy, który przybył do Meksyku w 1520 roku był nosicielem ospy i tym samym zapoczątkował wyniszczające plagi, które przetoczyły się przez rdzenne populacje obu Ameryk. W ciągu trzech lat od upadku Tenochtitlan, Hiszpanie podbili dużą część Meksyku, sięgając aż na południe do Przesmyku Tehuantepec. Podbite terytorium stało się Nową Hiszpanią, na czele której stał wicekról, który odpowiadał przed królem Hiszpanii za pośrednictwem Rady Indii. Hernán Cortés otrzymał doniesienia o bogatych, zaludnionych ziemiach na południu i wysłał Pedro de Alvarado, aby zbadał ten region.     

W okresie poprzedzającym ogłoszenie, że siły inwazyjne mają zostać wysłane do Gwatemali, cesarz Azteków Cuauhtémoc zebrał już 10 000 wojowników Nahua, aby towarzyszyć hiszpańskiej wyprawie. 

Miejscowi wojownicy dostarczali własną broń, w tym miecze, maczugi, łuki i strzały. Armia Alvarado opuściła Tenochtitlan na początku pory suchej, gdzieś pomiędzy drugą połową listopada a grudniem 1523 roku. Kiedy Alvarado opuścił stolicę Azteków, poprowadził armię około 400 Hiszpanów i około 200 wojowników Tlaxcaltec i Cholultec a także 100 wojowników Mexica.

Kiedy armia opuściła Zagłębie Meksyku, mogła liczyć nawet 20 000 rodzimych wojowników z różnych królestw, chociaż dokładne liczby są kwestionowane. Zanim armia przekroczyła Przesmyk Tehuantepec, liczni rdzenni wojownicy obejmowali 800 z Tlaxcala, 400 z Huejotzingo, 1600 z Tepeaca i wielu innych z byłych terytoriów Azteków. Kolejnych wojowników mezoamerykańskich zwerbowano z prowincji Zapoteków i Mixteków, a do tego dodano więcej Nahu z garnizonu Azteków w Soconusco. 

Na początku XVI wieku terytorium dzisiejszej Gwatemali zostało podzielone na różne konkurujące ze sobą struktury polityczne, z których każda toczyła nieustanną walkę z sąsiadami. Najważniejsze z nich to Kʼicheʼ, Kaqchikel, Tzʼutuji, the Chajoma, the Mam, the Poqomam i Pipil. Wszystkie one były grupami Majów, z wyjątkiem Pipilów, którzy byli grupą Nahua spokrewnioną z Aztekami. Pipil miały kilka małych państw-miast wzdłuż równinnego wybrzeża Pacyfiku w południowej Gwatemali i Salwadorze. Pipil Gwatemali mieli swoją stolicę w Itzcuintepec. Xinca była inną grupą nie-Majów, zajmującą południowo-wschodnie wybrzeże Pacyfiku. Majowie nigdy nie byli zjednoczeni jako jedno imperium, ale zanim przybyli tam Hiszpanie, ich cywilizacja miała tysiące lat i była świadkiem powstawania i upadku wielkich miast (centrów populacji przedkolumbijskiej cywilizacji Majów w Mezoameryce).            

W przededniu podboju wyżyny Gwatemali były zdominowane przez kilka potężnych państw Majów.

W stuleciach poprzedzających przybycie Hiszpanów Kʼicheʼ stworzyli małe imperium obejmujące dużą część zachodnich wyżyn Gwatemali i sąsiednią równinę przybrzeżną Pacyfiku. Jednak pod koniec XV wieku Kaqchikel zbuntowali się przeciwko swoim dawnym sojusznikom Kʼicheʼ i założyli nowe królestwo na południowym wschodzie ze stolicą w Iximche. W ciągu dziesięcioleci poprzedzających hiszpańską inwazję królestwo Kaqchikel stopniowo niszczyło królestwo Kʼicheʼ. Inne grupy górskie to grupa Tzʼutujil zamieszkała wokół jeziora Atitlán, grupa Mam osiadła na zachodnich wyżynach i Poqomam na wyżynach wschodnich.

Królestwo Itza było najpotężniejszym państwem na nizinach Peten w północnej Gwatemali, ze stolicą w Nojpetén, znajdującą się na wyspie na jeziorze Petén Itzá .        

Drugim ważnym państwem był ich wrogi sąsiad, Kowoj. Kowoj mieszkali na wschodzie Itza, wokół wschodnich jezior: Jeziora Salpetén, Jeziora Macanche, Jeziora Yaxha i Jeziora Sacnab. Inne grupy są mniej znane, a ich dokładny zasięg terytorialny i skład polityczny pozostają niejasne.

Wśród nich były: Chinamita, Kejache, Icaiche, Lakandon Ch'ol,  Mopan, Manche Ch'ol i Yalain. Kejacze zajmowali obszar na północ od jeziora na trasie do Campeche, podczas gdy Mopan i Chinamita mieli swoje władze w południowo-wschodnim Petén. Terytorium Manche znajdowało się na południowy zachód od Mopanu. Yalainowie mieli swoje terytorium bezpośrednio na wschód od jeziora Petén Itzá..        

Działania wojenne prowadzone przez Majów miały na celu nie tyle zniszczenie wroga, co pojmanie jeńców i grabież. Hiszpanie opisywali broń wojenną Petén Maya jako łuki i strzały, zaostrzone żerdzie, włócznie z krzemiennymi głowami i dwuręczne miecze wykonane z mocnego drewna z ostrzem wykonanym z obsydianu , podobnego do azteckiego macuahuitl.

Pedro de Alvarado opisał, jak Xinca z wybrzeża Pacyfiku zaatakowali Hiszpanów włóczniami, kołkami i zatrutymi strzałami. Wojownicy Majów nosili kamizelki kuloodporne w postaci pikowanej bawełny, która została nasączona słoną wodą, aby ją wzmocnić. Uzyskana zbroja wypadała korzystniej w porównaniu ze stalową zbroją noszoną przez Hiszpanów.

Majowie w przeszłości stosowali zasadzki i najazdy jako swoją ulubioną taktykę, a ich użycie przeciwko Hiszpanom okazało się kłopotliwe dla Europejczyków. W odpowiedzi na użycie kawalerii góralscy Majowie zaczęli kopać doły na drogach, wykładać je utwardzonymi ogniowo palami i kamuflować trawą i chwastami. Taktyka ta, według plemienia Kaqchikel powodowała śmierć wielu koni.

Wszyscy konkwistadorzy byli ochotnikami, z których większość nie otrzymywała stałej pensji, lecz dostawali część łupów w postaci metali szlachetnych, nadań ziemi i dostarczania miejscowej siły roboczej. Wielu Hiszpanów było już doświadczonymi żołnierzami, którzy wcześniej brali udział w kampaniach w Europie. Początkowo inwazja na Gwatemalę była prowadzona przez Pedro de Alvarado, który w 1527 r. zdobył wojskowy tytuł Adelantado.

Inni konkwistadorzy to bracia Pedro de Alvarado: Gómez de Alvarado, Jorge de Alvarado i Gonzalo de Alvarado y Contreras oraz jego kuzyni: Gonzalo de Alvarado y Chávez, Hernando de Alvarado i Diego de Alvarado. Pedro de Portocarrero był szlachcicem, który przyłączył się do początkowej inwazji. Bernal Díaz del Castillo był drobnym szlachcicem, który towarzyszył Hernánowi Cortésowi, gdy przekraczał północne niziny i Pedro de Alvarado podczas jego inwazji na wyżyny. Oprócz Hiszpanów, siły inwazyjne prawdopodobnie obejmowały dziesiątki uzbrojonych afrykańskich niewolników i wyzwoleńców.       

Hiszpańska broń i taktyka znacznie różniły się od tej stosowanej przez rdzennych mieszkańców Gwatemali. Hiszpanie używali kusz, broni palnej (w tym muszkietów i armat), psów bojowych oraz koni bojowych. 

Wśród ludów mezoamerykańskich pojmanie jeńców było priorytetem, podczas gdy dla Hiszpanów takie branie jeńców stanowiło przeszkodę w bezpośrednim zwycięstwie. Mieszkańcom Gwatemali, mimo całego ich wyrafinowania, brakowało kluczowych elementów technologii Europejczyków, takich jak użycie żelaza i stali oraz funkcjonalnych kół. Użycie stalowych mieczy było prawdopodobnie największą przewagą technologiczną Hiszpanów, chociaż rozmieszczenie kawalerii pomogało im od czasu do czasu odpierać armie tubylcze. Hiszpanie byli pod takim wrażeniem pikowanej bawełnianej zbroi swoich wrogów, Majów, że zaczęli ją preferować zamiast własnej stalowej zbroi. Konkwistadorzy zastosowali bardziej efektywną organizację wojskową i świadomość strategiczną niż ich przeciwnicy, co pozwoliło im rozmieścić wojska i zaopatrzenie w sposób zwiększający hiszpańską przewagę. 

W Gwatemali Hiszpanie rutynowo wystawiali rdzennych mieszkańców jako swoich sojuszników. Początkowo byli to Nahua, przywożeni z niedawno podbitego Meksyku, później również Majowie. Szacuje się, że na każdego Hiszpana na polu bitwy przypadało co najmniej 10 miejscowych pomocników. Czasami na jednego Hiszpana przypadało nawet 30 rdzennych wojowników i to właśnie udział sojuszników z Mezoameryki był szczególnie ważny. 

Hiszpanie zaangażowali się w strategię koncentracji rdzennej ludności w nowo powstałych miastach kolonialnych, zwanych reducciones (albo congregaciones). Opór tubylców wobec nowych osad przybierał formę ucieczki rdzennych mieszkańców do niedostępnych regionów, takich jak góry i lasy.   

Podbój gwatemalskich wyżyn był utrudniony przez istnienie wielu niezależnych państw w tamtym regionie, co było dokładnym przeciwieństwem sytuacji, którą Europejczycy zastali w Meksyku, gdzie mieli do pokonania jednego potężnego wroga.

Po tym, jak stolica Azteków, Tenochtitlan, przypadła w 1521 roku Hiszpanom, Majowie Kaqchikel z Iximche wysłali posłów do Hernána Cortésa, aby zadeklarować wierność nowemu władcy Meksyku, a Kʼicheʼ Maya z Qʼumarkaj również mogli wysłać delegację.

W 1522 roku Cortés wysłał meksykańskich sojuszników do zbadania regionu Soconusco w nizinnym Chiapas, gdzie spotkali nowe delegacje z Iximche i Qʼumarkaj w Tuxpán. Oba potężne góralskie królestwa Majów zadeklarowały swoją lojalność wobec króla Hiszpanii.

Ale sojusznicy Cortésa w Soconusco wkrótce poinformowali go, że Kʼicheʼ i Kaqchikel nie byli lojalni i zamiast tego nękali sojuszników Hiszpanii w regionie.

Cortés zdecydował wysłać Pedro de Alvarado ze 180 kawalerzystami, 300 żołnierzami piechoty z kuszami i muszkietami, 4 armatami, dużą ilością amunicji i prochu oraz tysiącami sprzymierzonych meksykańskich wojowników z Tlaxcala, Cholula i innych miast w środkowym Meksyku. Przybyli oni do Soconusco w 1523 roku.

Pedro de Alvarado okrył się niesławą z powodu masakry arystokratów azteckich w Tenochtitlan i według Bartolomé de las Casasa popełnił kolejne okrucieństwa podczas podboju królestw Majów w Gwatemali.

Niektóre grupy takie jak Tzʼutujil i Kʼicheʼ z Quetzaltenango pozostały lojalne wobec Hiszpanów po tym jak zostały podbite i dostarczały Europejczykom wojowników wykorzystywanych do dalszych podbojów.

Wkrótce jednak inne grupy się zbuntowały  i do 1526 roku liczne bunty ogarnęły gwatemalskie wyżyny.

Pedro de Alvarado i jego armia posuwali się wzdłuż wybrzeża Pacyfiku bez wyraźnego oporu, aż dotarli do rzeki Samalá w zachodniej Gwatemali. Region ten stanowił część królestwa Kʼicheʼ, a armia Kʼicheʼ bezskutecznie próbowała uniemożliwić Hiszpanom przekroczenie rzeki.

Po drugiej stronie konkwistadorzy splądrowali pobliskie osady, próbując terroryzować Kʼicheʼ.

8 lutego 1524 roku armia Alvarado stoczyła bitwę pod Xetulul, zwaną Zapotitlán przez jego meksykańskich sojuszników (współczesne San Francisco Zapotitlán).

Pomimo wielu obrażeń zadanych przez broniących łuczników Kʼiche, Hiszpanie i ich sojusznicy zaatakowali miasto i rozbili obóz na rynku.

Następnie Alvarado skierował się w górę rzeki, w góry Sierra Madre, w kierunku centrów Kʼicheʼ, przecinając przełęcz do żyznej doliny Quetzaltenango.

12 lutego 1524 r. meksykańscy sojusznicy Alvarado wpadli w zasadzkę na przełęczy, ale szarża hiszpańskiej kawalerii, która nastąpiła, była szokiem dla Kʼicheʼ, którzy nigdy wcześniej nie widzieli koni. Kawaleria rozproszyła Kʼicheʼ, a armia przeszła do miasta Xelaju (współczesne Quetzaltenango), lecz okazało się, że jest ono opuszczone. Chociaż powszechny jest pogląd, że książę Kʼicheʼ, Tecun Uman zginął w późniejszej bitwie pod Olintepeque, hiszpańskie relacje dowodzą, że co najmniej jeden, a być może dwóch władców Qʼumarkaj zginęło w zaciętych bitwach przy początkowym podejściu do Quetzaltenango.

Mówi się, że śmierć Tecun Umana miała miejsce w bitwie pod El Pinar, a lokalna tradycja głosi, że jego śmierć miała miejsce na Llanos de Urbina (Równinach Urbiny), po zbliżeniu się do Quetzaltenango w pobliżu współczesnej wioski Cantel.

Pedro de Alvarado w swoim trzecim liście do Hernána Cortésa opisuje śmierć jednego z czterech władców Qʼumarkaj po zbliżeniu się do Quetzaltenango. List datowany na 11 kwietnia 1524 r. powstał podczas jego pobytu w Qʼumarkaj. Niemal tydzień później, 18 lutego 1524 r., armia Kʼicheʼ zmierzyła się z armią hiszpańską w dolinie Quetzaltenango i poniosła całkowitą klęskę. Wśród zmarłych było wielu wielmożów Kʼicheʼ.

Liczba zabitych Kʼicheʼ była tak duża, że Olintepeque otrzymał imię Xequiquel, z grubsza oznaczające „skąpany we krwi”. Na początku XVII wieku wnuk króla Kʼicheʼ poinformował burmistrza alcalde (najwyższego urzędnika kolonialnego w tamtym czasie), że armia Kʼicheʼ, która wyruszyła z Qarkumarkaj, by stawić czoła najeźdźcom, liczyła 30 000 wojowników, co współcześni uczeni uważają za wiarygodne. Ta bitwa wyczerpała Kʼicheʼ militarnie, poprosili oni o pokój i złożyli hołd, zapraszając Pedro de Alvarado do ich stolicy Qʼumarkaj, który był znany jako Tecpan Utatlan dla sojuszników Hiszpanów mówiących nahuatl. Alvarado był głęboko podejrzliwy wobec zamiarów Kʼicheʼ, ale przyjął ofertę i pomaszerował do Qʼumarkaj ze swoją armią.

Dzień po bitwie pod Olintepeque armia hiszpańska dotarła do Tzakahá, która poddała się pokojowo. Tam hiszpańscy kapelani Juan Godinez i Juan Díaz odprawili mszę rzymskokatolicką pod prowizorycznym dachem. Miejsce to zostało wybrane do budowy pierwszego kościoła w Gwatemali, poświęconego Concepción La Conquistadora. Tzakahá została przemianowana na San Luis Salcajá. Pierwsza msza wielkanocna odprawiona w Gwatemali odbyła się w nowym kościele. Podczas tej mszy ochrzczono wysoko postawionych tubylców.

W marcu 1524 roku Pedro de Alvarado wkroczył do Qʼumarkaj na zaproszenie pozostałych lordów Kʼicheʼ po ich katastrofalnej klęsce, obawiając się, że wpadnie w pułapkę.

Wolał on obozować na równinie poza miastem, niż zakwaterować się w mieście. Obawiając się dużej liczby wojowników Kʼicheʼ zgromadzonych poza miastem i tego, że jego kawaleria nie będzie w stanie manewrować w wąskich uliczkach Qʼumarkaj, zaprosił czołowych władców miasta, Oxib-Keh (ajpop, czyli króla) i Beleheba- Tzy (ajpop kʼamha, czyli król-elekt), aby odwiedzili go w jego obozie. Gdy tylko to zrobili, pochwycił ich i przetrzymywał w swoim obozie jako więźniów.

Wojownicy Kʼicheʼ, widząc wziętych do niewoli swoich panów, zaatakowali rdzennych sojuszników Hiszpanów. Zdołali nawet zabić jednego z hiszpańskich żołnierzy.

W tym momencie Alvarado zdecydował, że pojmani lordowie Kʼicheʼ spalą się na śmierć, a następnie przystąpił do spalenia całego miasta. Po zniszczeniu Qʼumarkaja i egzekucji jego władców, Pedro de Alvarado wysłał wiadomość do Iximche, stolicy Kaqchikel, proponując sojusz przeciwko pozostałemu oporowi Kʼicheʼ. Alvarado napisał, że wysłali do pomocy 4000 wojowników, chociaż Kaqchikel odnotowali, że wysłali tylko 400.

Wraz z kapitulacją królestwa Kʼicheʼ, różne ludy nie-Kʼicheʼ będące pod panowaniem Kʼicheʼ również poddały się Hiszpanom.

Obejmowało to członków grupy etnicznej Mam z obszaru, który obecnie znajduje się w departamencie San Marcos . 

Quetzaltenango i San Marcos zostały przekazane pod dowództwo Juana de Leóna y Cardony, który zapoczątkował redukcję rdzennej populacji i zakładanie hiszpańskich miast.

Miasta San Marcos i San Pedro Sacatepéquez powstały wkrótce po podboju zachodniej Gwatemali. W 1533 roku Pedro de Alvarado nakazał de Leónowi y Cardonie zbadanie i podbój obszaru wokół wulkanów Tacaná, Tajumulco, Lacandón i San Antonio. W czasach kolonialnych obszar ten nazywany był prowincją Tecusitlán i Lacandón.

De León pomaszerował z pięćdziesięcioma Hiszpanami do miasta Majów zwanego przez swoich sprzymierzeńców mówiących nahuatl - Quezalli. Jego meksykańscy sojusznicy miasto to nazywali Sacatepequez. De León przemianował miasto na San Pedro Sacatepéquez na cześć swojego brata, Pedro de Angulo. Hiszpanie założyli pobliską wioskę w Candacuchex w kwietniu tego roku, zmieniając jej nazwę na San Marcos.

14 kwietnia 1524 r. wkrótce po klęsce Kʼicheʼ, Hiszpanie zostali zaproszeni do Iximche i zostali dobrze przyjęci przez panów Belehe Qat i Cahi Imox. Królowie Kaqchikel dostarczyli rdzennych żołnierzy do pomocy konkwistadorom w walce z ciągłym oporem Kʼicheʼ i do pomocy w pokonaniu sąsiedniego królestwa Tzʼutuhil. Hiszpanie przebywali w Iximche bardzo krótko, po czym kontynuowali podróż przez Atitlán, Escuintla i Cuscatlán. Hiszpanie wrócili do stolicy Kaqchikel 23 lipca 1524 r., a 27 lipca (1 Qʼat kalendarza Kaqchikel) Pedro de Alvarado ogłosił Iximche pierwszą stolicą Gwatemali, i nazwał go Santiago de los Caballeros de Guatemala („św. Gwatemala"). Hiszpanie nazywali Iximche Gwatemalą, od słowa "quauhtemallan" oznaczającego w języku nahuatl „zalesioną ziemię”.

Odkąd hiszpańscy konkwistadorzy założyli swoją pierwszą stolicę w Iximche, przyjęli nazwę miasta używaną przez ich meksykańskich sojuszników mówiących nahuatl i zastosowali ją do nowego hiszpańskiego miasta, a tym samym do królestwa. Stąd nowoczesna nazwa kraju. Kiedy Pedro de Alvarado przeniósł swoją armię do Iximche, opuścił pokonane królestwo Kʼicheʼ pod dowództwem Juana de León y Cardona. Chociaż de León y Cardona otrzymał dowództwo na zachodnich krańcach nowej kolonii, nadal odgrywał aktywną rolę w dalszym podboju, w tym w późniejszym ataku na stolicę Poqomam.

Ludy Kaqchikel zawarły sojusz z Hiszpanami, aby pokonać ich wrogów, Tzʼutujil, których stolicą był Tecpan Atitlan. Pedro de Alvarado wysłał dwóch posłańców z Kaqchikel do Tecpan Atitlan na prośbę lordów Kaqchikel, z których obaj zostali zabici przez Tzʼutujil. Kiedy wieści o zabiciu posłańców dotarły do ​​Hiszpanów w Iximche, konkwistadorzy pomaszerowali przeciwko Tz'utujil ze swoimi sprzymierzeńcami z plemienia Kaqchikel. Pedro de Alvarado opuścił Iximche zaledwie 5 dni po przybyciu na miejsce, z 60 kawalerzystami, 150 żołnierzami piechoty oraz bliżej nieokreśloną liczbą wojowników Kaqchikel. Hiszpanie i ich sojusznicy dotarli do brzegu jeziora po całodziennym ciężkim marszu, nie napotykając żadnego sprzeciwu.

Widząc brak oporu, Alvarado ruszył naprzód z 30 kawalerzystami wzdłuż brzegu jeziora. Naprzeciw zaludnionej wyspy Hiszpanie w końcu napotkali wrogich wojowników Tz'utujil i zaszarżowali między nimi, rozpraszając ich i ścigając na wąskiej grobli, przez którą uciekli ocaleli z bitwy wojownicy Tzʼutujil. Grobla była zbyt wąska dla koni, dlatego konkwistadorzy zsiedli z koni i przeszli na wyspę, zanim mieszkańcy zdążyli rozbić mosty. Reszta armii Alvarado wkrótce wzmocniła jego oddział i pomyślnie zaatakowali oni wyspę. Ocaleli Tzʼutujil wskoczyli do jeziora i przepłynęli w bezpieczne miejsce na innej wyspie. Hiszpanie nie mogli dalej ścigać ocalałych, ponieważ 300 łodzi wysłanych przez Kaqchikel jeszcze nie przybyło. Ta bitwa miała miejsce 18 kwietnia 1524 roku.

Następnego dnia Hiszpanie wkroczyli do Tecpan Atitlan, ale okazało się, że jest ono opuszczone. Pedro de Alvarado obozował w centrum miasta. Następnie wysłał zwiadowców, aby znaleźli wroga. Udało im się złapać miejscowych i za ich pomocą wysyłali wiadomości do lordów Tzʼutujil, nakazując im poddanie się królowi Hiszpanii. W odpowiedzi przywódcy Tzʼutujil poddali się Pedro de Alvarado i przysięgli lojalność Hiszpanii, po czym Alvarado uznał ich za spacyfikowanych i wrócił do Iximche.

Trzy dni po powrocie Pedro de Alvarado do Iximche, lordowie Tzʼutujil przybyli tam, aby złożyć przysięgę lojalności i hołd konkwistadorom. Wkrótce potem z nizin nad Pacyfikiem przybyło kilku lordów, którzy przysięgli wierność królowi Hiszpanii, chociaż Alvarado nie wymienił ich w swoich listach. Potwierdzili oni doniesienia ludzi z Kaqchikel, że ​​dalej na równinie Pacyfiku leżało królestwo (zwane w języku Nahuatl Izcuintepeque lub Panatacat w języku Kaqchikel), którego mieszkańcy byli wojowniczy i wrogo nastawieni do swoich sąsiadów.

Pedro de Alvarado szybko zaczął żądać złota od ludu Kaqchikel, osłabiając przyjaźń między dwoma narodami. Zażądał, aby ich królowie dostarczyli 1000 złotych liści, każdy o wartości 15 pesos.

Kapłan Kaqchikel przepowiadał, że bogowie Kaqchikel zniszczą Hiszpanów, powodując, że lud Kaqchikel opuści swoje miasto i ucieknie do lasów i wzgórz 28 sierpnia 1524 r. (7 Ahmak w kalendarzu Kaqchikel) Dziesięć dni później Hiszpanie wypowiedzieli wojnę Kaqchikel. Dwa lata później, 9 lutego 1526 r. grupa szesnastu hiszpańskich dezerterów spaliła pałac Ahpo Xahil, splądrowała świątynie i porwała księdza, za co Kaqchikel obwinił Pedro de Alvarado. Konkwistador Bernal Díaz del Castillo opowiedział, jak w 1526 roku wrócił do Iximche i spędził noc w „starym mieście Gwatemali” razem z Luisem Marínem i innymi członkami wyprawy Hernána Cortésa do Hondurasu. Poinformował, że domy w mieście są nadal w doskonałym stanie. Jego relacja była ostatnim opisem miasta jeszcze nadającego się do zamieszkania.

Hiszpanie założyli nowe miasto w pobliskim Tecpán Guatemala. Tecpán to w języku nahuatl „pałac”, stąd nazwa nowego miasta tłumaczona była jako „pałac wśród drzew”. Hiszpanie opuścili Tecpán w 1527 roku z powodu ciągłych ataków plemion Kaqchikel i przenieśli się do doliny Almolonga na wschodzie, odbudowując swoją stolicę w miejscu dzisiejszej dzielnicy San Miguel Escobar w Ciudad Vieja, niedaleko Antigua Guatemala. Sprzymierzeńcy Hiszpanów Nahua i Oaxacan osiedlili się w centralnym Ciudad Vieja, znanym wówczas jako Almolonga (nie mylić z Almolongą w pobliżu Quetzaltenango). Sojusznicy z ludów Zapotek i Mixtek osiedlili się w San Gaspar Vivar, około 2 km na północny wschód od Almolonga.

Ludzie z Kaqchikel przez wiele lat stawiali opór Hiszpanom, ale 9 maja 1530 r. wyczerpani działaniami wojennymi, które doprowadziły do śmierci ich najlepszych wojowników i przymusowego porzucenia upraw, dwaj królowie najważniejszych klanów powrócili z dziczy. Dzień później dołączyło do nich wielu wielmożów z plemienia Kaqchikel, ich rodziny oraz wielu innych. Następnie poddali się oni Hiszpanom w nowej stolicy w Ciudad Vieja. Dawni mieszkańcy Iximche się rozproszyli. Niektórzy zostali przeniesieni do Tecpán, reszta do Sololá i innych miast wokół jeziora Atitlán.

Chociaż między ludami Mam a ludźmi Kʼicheʼ z Qʼumarkaj panował stan wojny po buncie Kaqchikel przeciwko ich byłym sojusznikom Kʼicheʼ, kiedy przybyli konkwistadorzy, nastąpiła zmiana w krajobrazie politycznym. Pedro de Alvarado opisał, jak król mam Kaybʼil Bʼalam został przyjęty z wielkim honorem w Qʼumarkaj, gdy tam był. Wyprawa przeciwko Zaculeu została najwyraźniej zainicjowana po rozgoryczeniu ludzi Kʼicheʼ, którzy nie zdołali powstrzymać Hiszpanów w Qʼumarkaj, a plan uwięzienia konkwistadorów w mieście został im zaproponowany przez króla Mam, Kaybʼila Bʼalama. Wynikająca z tego egzekucja królów Kʼicheʼ została uznana za niesprawiedliwą. Sugestia ludzi Kʼicheʼ dotycząca maszerowania na ludy Mam została szybko przyjęta przez Hiszpanów.

W czasie podboju większość populacji Mam znajdowało się w Xinabajul, które obecnie nazywa się Huehuetenango, ale fortyfikacje Zaculeu doprowadziły do ​​jego wykorzystania jako schronienia podczas podboju. Schronienie zostało zaatakowane przez Gonzalo de Alvarado y Contrerasa, brata konkwistadora Pedro de Alvarado w 1525 roku, z pomocą 40 hiszpańskich kawalerzystów i 80 żołnierzy piechoty oraz około 2000 meksykańskich sojuszników oraz ludzi Kʼicheʼ.

Gonzalo de Alvarado opuścił hiszpański obóz w Tecpán Guatemala w lipcu 1525 roku i pomaszerował do miasta Totonicapán, którego używał jako bazy zaopatrzeniowej. Z Totonicapán wyprawa skierowała się na północ do Momostenango, choć została opóźniona przez ulewne deszcze. Po czterogodzinnej bitwie Momostenango szybko wpadło w ręce Hiszpanów. Następnego dnia Gonzalo de Alvarado pomaszerował na Huehuetenango i stanął twarzą w twarz z armią Mam liczącą 5000 wojowników z pobliskiego Malacatán (współczesne Malacatancito). Armia Mam posuwała się przez równinę w szyku bojowym i napotkała szarżę hiszpańskiej kawalerii, która doprowadziła ich do zamętu, a piechota zmiotła ludzi Mam, którzy zdołali przeżyć napór kawalerii.

Gonzalo de Alvarado zabił przywódcę Mam Canila Acaba swoją lancą, w momencie kiedy opór armii Mam został złamany, a wojownicy, którzy przeżyli, uciekli na wzgórza. Alvarado wkroczył do Malacatan nie napotykając oporu i zastał je zamieszkane tylko przez ludzi chorych i starszych. Emisariusze przywódców Mam przybyli ze wzgórz i złożyli bezwarunkową kapitulację, która została zaakceptowana przez Alvarado. Armia hiszpańska odpoczywała przez kilka dni, po czym ruszyła dalej do Huehuetenango, ale okazało się, że jest ono opuszczone. Kaybʼil Bʼalam otrzymał wieści o hiszpańskim natarciu i wycofał się do swojej fortecy w Zaculeu. Alvarado wysłał wiadomość do Zaculeu, proponując warunki pokojowego poddania się króla Mam, który zdecydował się nie odpowiadać.

Zaculeu był broniony przez Kaybʼila Bʼalama dowodzącego około sześcioma tysiącami wojowników zebranych z Huehuetenango, Zaculeu, Cuilco i Ixtahuacán. Twierdza była otoczona z trzech stron wąwozami i broniona potężnym systemem murów i rowów.

Gonzalo de Alvarado, choć miał przewagę liczebną dwa do jednego, zdecydował się zaatakować słabsze północne wejście do miasta. Wojownicy Mam początkowo utrzymywali północne podejście przeciwko hiszpańskiej piechocie, ale cofnęli się przed kolejnymi szarżami kawalerii. Obrona Mam została wzmocniona przez około 2 tys. wojowników z Zaculeu, ale nie była w stanie odepchnąć Hiszpanów.

Kaybʼil Bʼalam, widząc, że bezpośrednie zwycięstwo na otwartym polu bitwy jest niemożliwe, wycofał swoją armię z powrotem za bezpieczne mury.

Kiedy Alvarado oblegał fortecę, armia około 8 tys. wojowników Mam przybyła do Zaculeu z gór Cuchumatanes na północy. Przybyli oni z miast sprzymierzonych z Zaculeu. Alvarado opuścił Antonio de Salazara, by nadzorować oblężenie, i pomaszerował na północ, by stawić czoła armii Mam.

Armia Mam była zdezorganizowana i choć stanowiła spore wyzwanie dla hiszpańskiej piechoty i ich sojuszników, była ona narażona na wielokrotne szarże doświadczonej hiszpańskiej kawalerii.

Armia  z gór Cuchumatanes została rozbita i unicestwiona, dzięki czemu Alvarado mógł powrócić, by wzmocnić oblężenie. Po kilku miesiącach ludzie Mam zostali doprowadzeni do głodu. Kaybʼil Bʼalam ostatecznie przekazał miasto Hiszpanom w połowie października 1525 r. Kiedy Hiszpanie wkroczyli do miasta, znaleźli 1800 martwych Indian. Ci którzy przeżyli,  zjadali zwłoki zmarłych. Po upadku Zaculeu w Huehuetenango utworzono hiszpański garnizon pod dowództwem Gonzalo de Solísa. Gonzalo de Alvarado wrócił do Tecpán Guatemala, aby ogłosić swoje zwycięstwo bratu.

W 1525 roku Pedro de Alvarado wysłał małą kompanię, aby podbiła Mixco Viejo (Chinautla Viejo), stolicę Poqomam.

Hiszpanie próbowali podejść do miasta z zachodu przez wąską przełęcz, ale zostali zmuszeni do odwrotu z ciężkimi stratami. Sam Alvarado przeprowadził drugi atak z 200 sojusznikami z Tlaxcalan, ale również został odparty. Poqomam następnie otrzymali posiłki, prawdopodobnie od Chinautla, a następnie starli się oni z Hiszpanami na otwartym terenie poza miastem. Bitwa była chaotyczna i trwała przez większość dnia, ale ostatecznie została rozstrzygnięta na korzyść Europejczyków, zmuszając sojuszników Poqomam do wycofania się. Dowódcy tubylców poddali się Hiszpanom trzy dni po ich odwrocie i ujawnili, że do miasta prowadzi tajne podziemne wejście, znajdujące się przy pobliskiej rzece. Była to jaskinia, która umożliwiała mieszkańcom Mixco Viejo wchodzenie i wychodzenie z miasta podziemnymi korytarzami.

Dzięki tej wiedzy zdobytej od swoich jeńców wojennych Alvarado wysłał 40 ludzi, aby osłaniali wyjście z jaskini i przypuścili kolejny szturm wzdłuż wąwozu od strony zachodniej. Hiszpanie przebili się przez przełęcz i zaczęli szturmować wejście do miasta.

Wojownicy Poqomam dokonywali chaotycznego odwrotu przez miasto, będąc ściganymi przez konkwistadorów oraz ich sojuszników.

Ci, którym udało się wycofać w dół sąsiedniej doliny, zostali zaatakowani przez hiszpańską kawalerię, która została wysłana do zablokowania wyjścia z jaskini. Ci którzy przeżyli zostali złapani i przewiezieni do miasta. Oblężenie trwało ponad miesiąc i ze względu na obronną siłę miasta Alvarado nakazał spalenie go i przeniósł mieszkańców do nowej kolonialnej wioski - Mixco.

Nie ma bezpośrednich źródeł opisujących podbój ludów Chajoma przez Hiszpanów, ale wydaje się, że była to raczej długa kampania niż szybkie, pewne zwycięstwo. Jedynym opisem podboju ludów Chajoma jest relacja pojawiająca się w twórczości Francisco Antonio de Fuentes y Guzmána pochodząca z XVII wieku, długo po tych wydarzeniach. Po podboju mieszkańcy wschodniej części królestwa zostali przesiedleni przez zdobywców do San Pedro Sacatepéquez, wliczając w to część mieszkańców stanowiska archeologicznego znanego obecnie jako Mixco Viejo (Jilotepeque Viejo). Pozostała część populacji Mixco Viejo wraz z mieszkańcami zachodniej części królestwa została przeniesiona do San Martín Jilotepeque. Chajoma zbuntowali się przeciwko Hiszpanom w 1526 roku, walcząc w bitwie pod Ukubʼil, niezidentyfikowanym miejscu gdzieś w pobliżu współczesnych miast San Juan Sacatepéquez i San Pedro Sacatepéquez.

W okresie kolonialnym większość ocalałych ludzi z plemion Chajoma zostało przymusowo osiedlonych w miastach San Juan Sacatepéquez, San Pedro Sacatepéquez i San Martín Jilotepeque w wyniku hiszpańskiej polityki congregaciones. Ludzie zostali przeniesieni do któregokolwiek z trzech miast, które były najbliżej ich posiadłości ziemskich sprzed podboju.

Wydaje się, że niektórzy ludzie Kaqchikel z Iximche również zostali przeniesieni do tych samych miast. Po ich przeniesieniu część ludzi Chajoma powróciło do swoich ośrodków sprzed podboju, tworząc nieformalne osady i prowokując działania wojenne z Poqomam z Mixco i Chinautla wzdłuż dawnej granicy między królestwami przedkolumbijskimi.

Hiszpańskie corregimiento kolonialne (w okresie kolonialnym terytorium znajdujące się pod administracją jednego urzędnika, ściągającego podatki od autochtonicznej ludności) San Cristóbal Acasaguastlán zostało założone w 1551 roku z siedzibą w mieście o tej samej nazwie, obecnie we wschodniej części departamentu El Progreso. Acasaguastlán obejmowało szeroki obszar, w którego skład wchodziły: Cubulco, Rabinal i Salamá (wszystkie w Baja Verapaz), San Agustín de la Real Corona (współczesny San Agustín Acasaguastlán) i La Magdalena w El Progreso oraz Chimalapa, Gualán, Usumatlán i Zacapa, wszystkie w departamencie Zacapa. Chimalapa, Gualán i Usumatlán były również osadami Acasaguastlán. San Cristóbal Acasaguastlán i okolice zostały zredukowane do osad kolonialnych przez braci z Zakonu Dominikanów. W czasie podboju obszar ten był zamieszkany przez Poqomchi' Maya i mówiących językiem nahuatl Pipil. W latach dwudziestych XVI wieku, bezpośrednio po podboju, mieszkańcy płacili Koronie Hiszpańskiej podatki w postaci kakao, tekstyliów, złota, srebra i niewolników.

Chiquimula de la Sierra zajmujące obszar współczesnego departamentu Chiquimula na wschód od Poqomam i Chajoma, było w czasie podboju zamieszkane przez Chʼortiʼ Maya.

Pierwszy hiszpański rekonesans tego regionu miał miejsce w 1524 r. podczas ekspedycji, w skład której wchodzili między innymi Hernando de Chávez, Juan Durán, Bartolomé Becerra i Cristóbal Salvatierra.

W 1526 roku trzech hiszpańskich kapitanów: Juan Pérez Dardón, Sancho de Barahona i Bartolomé Becerra najechało Chiquimula z rozkazu Pedro de Alvarado.

Rdzenna ludność wkrótce zbuntowała się przeciwko nadmiernym żądaniom Hiszpanii, ale rebelia została szybko stłumiona w kwietniu 1530 r. Jednak region ten nie został uznany za w pełni podbity, aż do kampanii Jorge de Bocanegry w latach 1531–1532, która objęła również części Jalapy. Choroby Starego Świata, wojny i przepracowanie w kopalniach i encomiendach wywarły ogromne piętno na mieszkańcach wschodniej Gwatemali, do tego stopnia, że ​​poziom ludności tubylczej nigdy nie powrócił do poziomu sprzed podboju.

W dziesięć lat po upadku Zaculeu różne hiszpańskie ekspedycje dotarły do Sierra de los Cuchumatanes i zaangażowały się w podbój ludów Chuj i Qʼanjobʼal.

Hiszpanów region ten przyciągał w nadziei na wydobycie złota, srebra i innych bogactw z gór, ale ich oddalenie, trudny teren i stosunkowo niska liczba ludności sprawiły, że ich podbój i eksploatacja były niezwykle trudne. Szacuje się, że ludność Cuchumatanes przed kontaktem z Europą liczyła 260 000 osób. Zanim Hiszpanie fizycznie przybyli do tego regionu, liczba ta spadła do 150 000 z powodu skutków chorób, które dotknęły tamtejsze ludy.

Po tym, jak zachodnia część Cuchumatanes przypadła Hiszpanom, Majowie Ixil i Uspantek zostali wystarczająco odizolowani, by uniknąć natychmiastowego zainteresowania nimi ze strony Europejczyków.

Uspantek i Ixil byli sojusznikami, a w 1529 roku, cztery lata po podboju Huehuetenango, wojownicy Uspantek nękali siły hiszpańskie, natomiast Uspantán próbował wzniecić bunt wśród ludów Kʼicheʼ.

Działalność Uspantek stała się na tyle kłopotliwa, że ​​Hiszpanie uznali, że konieczna jest akcja militarna. Gaspar Arias, burmistrz Gwatemali, spenetrował wschodnie Cuchumatanes z sześćdziesięcioma żołnierzami hiszpańskiej piechoty i trzystu sprzymierzonymi rdzennymi wojownikami.

Na początku września Arias ustanowił tymczasową władzę hiszpańską nad miastami Chajul i Nebaj Ixil. Armia hiszpańska pomaszerowała następnie na wschód, w kierunku samego Uspantan; Arias otrzymał wtedy zawiadomienie, że pełniący obowiązki gubernatora Gwatemali Francisco de Orduña pozbawił go stanowiska burmistrza.

Arias przekazał dowództwo niedoświadczonemu Pedro de Olmosowi i powrócił do konfrontacji z de Orduñą. Chociaż jego oficerowie odradzali to, Olmos przypuścił na pełną skalę frontalny atak na miasto. Gdy tylko Hiszpanie rozpoczęli atak, zostali napadnięci od tyłu przez ponad dwa tysiące wojowników Uspantek. Siły hiszpańskie poniosły ciężkie straty; wielu ich tubylczych sojuszników zostało zabitych, a inni zostali schwytani żywcem przez wojowników Uspantek tylko po to, by złożyć ich w ofierze na ołtarzu ich bóstwa Exbalamquen. Ocalali, którym udało się uniknąć schwytania, przedarli się z powrotem do hiszpańskiego garnizonu w Qʼumarkaj.

Rok później Francisco de Castellanos wyruszył z Santiago de los Caballeros de Guatemala na kolejną wyprawę przeciwko Ixil i Uspantek, prowadząc ośmiu kapralów, trzydziestu dwóch kawalerzystów, czterdziestu żołnierzy piechoty i kilkuset sprzymierzonych wojowników, rekrutowanych z rdzennej ludności.

Ekspedycja odpoczywała w Chichicastenango i zwerbowała dalsze siły, po czym pomaszerowała siedem mil na północ do Sacapulas i wspięła się na strome południowe zbocza Cuchumatanes. Na wyższych zboczach starli się oni z siłami Ixil z Nebaj i pobliskich osad, liczącymi od czterech do pięciu tysięcy wojowników.

Doszło do długiej bitwy, podczas której hiszpańskiej kawalerii udało się oskrzydlić armię Ixil i zmusić ich do odwrotu do fortecy na szczycie góry w Nebaj. Siły hiszpańskie oblegały miasto, a ich rdzennym sojusznikom udało się wspiąć na mury, przedostać się do twierdzy i podpalić ją.

Wielu wojowników Ixil wycofało się, by walczyć z ogniem, co pozwoliło Hiszpanom szturmować wejście i przełamać umocnienia. Zwycięscy Hiszpanie zebrali ocalałych obrońców, a następnego dnia Castellanos nakazał określić ich wszystkich jako niewolników w ramach kary za ich opór. Mieszkańcy Chajul natychmiast skapitulowali przed Hiszpanami, gdy tylko dotarły do ​​nich wieści o bitwie.

Hiszpanie ruszyli dalej na wschód w kierunku Uspantán, którego broniło dziesięć tysięcy wojowników, w tym siły z Cotzal, Cunén, Sacapulas i Verapaz. Hiszpanie ledwo byli w stanie zorganizować obronę przed atakiem na swoje siły. Mimo znacznej przewagi liczebnej ludów uspantek, rozmieszczenie hiszpańskiej kawalerii i hiszpańskiej piechoty uzbrojonej w broń palną ostatecznie przesądziło o rezultacie bitwy. Hiszpanie opanowali Uspantan i ponownie określili wszystkich ocalałych wojowników jako niewolników. Poddały się również okoliczne miasta, a grudzień 1530 roku zakończył militarny etap podboju Cuchumatanes.

W 1529 roku zamieszkałe przez Czuchów miasto San Mateo Ixtatán (wówczas znane pod nazwą Ystapalapán) zostało przekazane pod kontrolę konkwistadorowi Gonzalo de Ovalle, towarzyszowi Pedro de Alvarado, wraz z Santa Eulalia i Jacaltenango. W 1549 roku pod nadzorem dominikańskich misjonarzy, odbyła się pierwsza redukcja (po hiszpańsku reducción - przeniesienie mieszkańców tubylczych osad do osad stworzonych przez Hiszpanów na wzór europejskich miast i wsi) San Mateo Ixtatán, w tym samym roku powstała osada Santa Eulalia przeznaczona dla ludzi Qʼanjobʼal. Kolejne redukcje dla ludów Qʼanjobʼal  istniały w San Pedro Soloma, San Juan Ixcoy i San Miguel Acatán. Opór Qʼanjobʼal był w dużej mierze bierny, polegający na wycofaniu się z hiszpańskich osad w trudno dostępne góry i lasy.

W 1586 roku Zakon Mercedariuszy zbudował pierwszy kościół w Santa Eulalia. Czuchowie z San Mateo Ixtatán nadal się buntowali i stawiali opór hiszpańskiej kontroli dłużej niż ich górscy sąsiedzi. Opór ten był możliwy dzięki sojuszowi z nizinnym ludem Lakandon Chʼol.

Pod koniec XVII wieku hiszpański misjonarz Fray Alonso de León poinformował, że około 80 rodzin w San Mateo Ixtatán nie złożyło hołdu Koronie Hiszpańskiej ani nie uczestniczyło w mszy rzymskokatolickiej. Opisał mieszkańców jako kłótliwych i narzekał, że zbudowali pogańską świątynię na wzgórzach pośród ruin przedkolumbijskich świątyń, gdzie palili kadzidło oraz składali ofiary z indyków. Poinformował, że co roku w marcu rozpalali ogniska wokół drewnianych krzyży około dwóch mil od miasta i podpalali je. Fray de León poinformował władze kolonialne, że w praktyce tubylcy ​​chrześcijanami byli tylko z nazwy. Ostatecznie Fray de León został wypędzony z San Mateo Ixtatán przez miejscowych.

W 1684 r. rada kierowana przez Enrique Enríqueza de Guzmána, gubernatora Gwatemali, zadecydowała o redukcji San Mateo Ixtatán i pobliskiej Santa Eulalia.

W dniu 29 stycznia 1686 r. kapitan Melchor Rodríguez Mazariegos, działając na rozkaz gubernatora, opuścił Huehuetenango i przybył do San Mateo Ixtatán, gdzie zwerbował rdzennych wojowników z pobliskich wiosek, 61 z samego San Mateo.

Hiszpańskie władze kolonialne uważały, że mieszkańcy San Mateo Ixtatán byli przyjaźnie nastawieni do wciąż niezwyciężonych i zaciekle wrogich mieszkańców regionu Lacandon, który obejmował część dzisiejszego meksykańskiego stanu Chiapas oraz zachodnią część basenu Petén. Aby wiadomości o hiszpańskim natarciu dotarły do ​​mieszkańców regionu Lacandon, gubernator nakazał schwytanie trzech przywódców społeczności San Mateo: Cristóbala Domingo, Alonso Delgado i Gaspara Jorge i kazał ich wysłać do więzienia w Huehuetenango.

Sam gubernator przybył do San Mateo Ixtatán 3 lutego, gdzie czekał już na niego kapitan Rodríguez Mazariegos. Gubernator nakazał kapitanowi pozostać w wiosce i wykorzystać ją jako bazę wypadową do penetracji regionu Lacandon. W mieście pozostali także hiszpańscy misjonarze Fray de Rivas i Fray Pedro de la Concepción. Gubernator Enriquez de Guzmán następnie opuścił San Mateo Ixtatán i udał się do Comitán w Chiapas, by przez Ocosingo przedostać się do regionu Lacandon.

W 1695 roku potrójna inwazja na Lacandon została uruchomiona jednocześnie z San Mateo Ixtatán, Cobán i Ocosingo. Kapitan Rodriguez Mazariegos w towarzystwie Fray de Rivasa i 6 innych misjonarzy wraz z 50 hiszpańskimi żołnierzami opuścił Huehuetenango i ruszył do San Mateo Ixtatán. Idąc tą samą trasą, co w 1686 roku, udało im się zrekrutować 200 rdzennych wojowników z Santa Eulalia, San Juan Solomá i samego San Mateo. W dniu 28 lutego 1695 r. wszystkie trzy grupy opuściły swoje bazy operacyjne, aby podbić Lacandon. Grupa San Mateo skierowała się na północny wschód do dżungli Lacandon.

Przed przybyciem Hiszpanów zachodnia część równin wzdłuż wybrzeża Pacyfiku była zdominowana przez ludy Kʼicheʼ i Kaqchikel, podczas gdy wschodnia część była zajmowana przez Pipil i Xinca. Pipil zamieszkiwali obszar współczesnego departamentu Escuintla i część Jutiapa. Główne terytorium Xinca leżało na wschód od głównej populacji Pipil na terenie dzisiejszego departamentu Santa Rosa. Xinca zamieszkiwali również współczesny departament Jutiapa.

Przez okres pięćdziesięciu lat, poprzedzający przybycie Hiszpanów ludzie Kaqchikel często prowadzili wojnę z ludem Pipil z Izcuintepeque (dzisiejszy Escuintla).

W marcu 1524 r. Kʼiche zostali pokonani. Miesiąc później, w kwietniu ponownie zostali oni pokonani, tym razem przez sojusz Kaqchikel z Hiszpanami.

W dniu 8 maja 1524 roku, wkrótce po przybyciu do Iximche i zaraz po podboju ludu Tzʼutujil wokół jeziora Atitlán, Pedro de Alvarado kontynuował z armią liczącą około 6000 żołnierzy marsz na południe, na równinę przybrzeżną Pacyfiku, gdzie pokonał ludzi Pipil z Panacal niedaleko Izcuintepeque w dniu 9 maja.

Alvarado zbliżając się do miasta obszar ten opisał jako bardzo trudny do przejścia, pokryty gęstą roślinnością i mokradłami, które uniemożliwiały użycie kawalerii. Zamiast tego wysłał przed siebie ludzi z kuszami. Pipil wycofali swoich zwiadowców z powodu ulewnego deszczu, wierząc, że Hiszpanie i ich sojusznicy nie będą w stanie tego dnia dotrzeć do miasta.

Jednak Pedro de Alvarado ruszył naprzód i kiedy Hiszpanie wkroczyli do miasta, obrońcy byli zupełnie nieprzygotowani, a wojownicy Pipil chronili się przed ulewnym deszczem. W bitwie, która nastąpiła Hiszpanie i ich rdzenni sojusznicy ponieśli niewielkie straty, ale Pipil byli w stanie uciec do lasu, chronieni przed hiszpańskimi pościgami przez pogodę i roślinność. Pedro de Alvarado nakazał spalenie miasta i wysłał posłańców do lordów Pipil z żądaniem ich kapitulacji, w przeciwnym razie zniszczy ich ziemie. Zgodnie z listem Alvarado do Cortésa, Pipil wrócili do miasta i podporządkowali się mu, akceptując króla Hiszpanii jako swego zwierzchnika. Hiszpańskie siły obozowały w zdobytym mieście przez osiem dni. Kilka lat później, w 1529 roku Pedro de Alvarado został oskarżony między innymi o użycie nadmiernej brutalności podczas podboju Izcuintepeque.

W Guazacapán, obecnie gminie w Santa Rosa, Pedro de Alvardo opisał swoje spotkanie z ludźmi, którzy nie byli ani Majami, ani ludami Pipil. Mówili oni zupełnie innym językiem. Tymi ludźmi  prawdopodobnie byli ludzie Xinca.

W tym momencie siły Alvarado składały się z 250 żołnierzy piechoty, której towarzyszyło 6000 rdzennych wojowników, rekrutowanych głównie spośród ludów Kaqchikel i Cholutec. Alvarado i jego armia zajęli najważniejsze miasto Xinca, nazwane Atiquipaque. Broniący się wojownicy zostali opisani przez Alvarado jako zaangażowani w zaciętą walkę wręcz z użyciem włóczni, kołków i zatrutych strzał. Bitwa miała miejsce 26 maja 1524 r. i spowodowała znaczną redukcję populacji Xinca.

Armia Alvarado ruszyła dalej na wschód od Atiquipaque, zajmując kilka kolejnych miast zamieszkałych przez Xinca, m.in. Tacuilula,  Taxisco i Nancintla.

Ponieważ Alvarado i jego sojusznicy nie mogli zrozumieć języka Xinca, Alvarado podjął dodatkowe środki ostrożności podczas marszu na wschód, wzmacniając swą przednią i tylną straż przy pomocy dziesięciu kawalerzystów. Pomimo tych środków ostrożności, wkrótce po opuszczeniu Taxisco, na kordon z bagażami napadła armia ludzi Xinca. Wielu rdzennych wojowników, sprzymierzonych z Hiszpanami zginęło, a większość bagażu została utracona, w tym wszystkie kusze i okucia dla koni. To była poważna porażka. Alvarado obozował następnie swoją armię w Nancintla przez osiem dni, podczas których wysłał dwie wyprawy przeciwko atakującej armii tubylców.

Jorge de Alvarado poprowadził pierwszy atak przy pomocy trzydziestu do czterdziestu kawalerzystów i mimo iż rozgromili oni wroga, nie byli w stanie odzyskać żadnego z zaginionych bagażów, z których większość została zniszczona przez Xinca a następnie wykorzystana jako trofea.

Pedro de Portocarrero poprowadził drugi atak z udziałem żołnierzy piechoty, ale nie był w stanie walczyć z wrogiem z powodu trudnego, górzystego terenu, więc wrócił do Nancintli. Alvarado wysłał posłańców Xinca, aby nawiązali kontakt z wrogiem, ale nie udało im się wrócić. Posłańcy z miasta Pazaco (współcześnie znajdującym się w departamencie Jutiapa) zaoferowali konkwistadorom pokój, ale kiedy Alvarado przybył tam następnego dnia, mieszkańcy przygotowywali się do wojny. Żołnierze Alvarado napotkali pokaźną liczbę zebranych wojowników i szybko rozgromili ich na ulicach miasta. Maszerując z Pazaco Alvarado przekroczył Río Paz i wjechał na teren dzisiejszego Salwadoru.

Po podboju równinnych wybrzeży Pacyfiku mieszkańcy oddawali Hiszpanom produkty, takie jak kakao, bawełna, sól i wanilia, ze szczególnym uwzględnieniem kakao.

Okres walki pomiędzy Europejczykami a tubylcami na nizinach Petén w północnej części Gwatemali trwał od 1525 do 1700 roku. Doskonała hiszpańska broń oraz użycie kawalerii, choć bardzo istotne na północnym Jukatanie, nie nadawały się do prowadzenia działań wojennych w gęstych lasach nizinnej Gwatemali. 

W 1525 r. po podboju Imperium Azteków Hernán Cortés poprowadził wyprawę do Hondurasu drogą lądową, przecinając królestwo Itza na terenie dzisiejszego departamentu Petén w Gwatemali. Jego celem było pokonanie zbuntowanego Cristóbala de Olida, którego wysłał na podbój Hondurasu, ale uniezależnił się on po przybyciu na to terytorium. Cortés miał 140 żołnierzy hiszpańskich, 93 z nich było kawalerzystami. Dodatkowo sprzymierzonych było z nim 3000 wojowników meksykańskich. Posiadał on także 150 koni, stado świń, artylerię, amunicję i inne zapasy. Miał też ze sobą 600 tragarzy wywodzących się z ludu Chontal Maya z Acalan. 13 marca 1525 roku dotarli oni na północny brzeg jeziora Petén Itzá.

Cortés przyjął zaproszenie od Aj Kan Ekʼ, króla Itza, do odwiedzenia Nojpetén (znanego również jako Tayasal) i udał się do miasta Majów z 20 hiszpańskimi żołnierzami, podczas gdy reszta jego armii krążyła wokół jeziora, aby spotkać się z nim na południowym wybrzeżu. Wyjeżdżając z Nojpetén, Cortés zostawił po sobie krzyż i kulawego konia. Hiszpanie ponownie oficjalnie skontaktowali się z Itza dopiero po przybyciu franciszkańskich księży w 1618 r., kiedy to podobno krzyż Cortésa nadal stał w Nojpetén. Cortés kontynuował podróż na południe, wzdłuż zachodnich zboczy Gór Majów. Była to szczególnie uciążliwą podróż, która trwała 12 dni i podczas której stracił ponad dwie trzecie swoich koni. Kiedy dotarł do rzeki wezbranej przez ciągłe ulewne deszcze, które padały podczas wyprawy, Cortés skręcił w górę rzeki do bystrza Gracias a Dios, którego pokonanie zajęło mu dwa dni.

15 kwietnia 1525 roku wyprawa dotarła do wioski Majów Tenciz. Z lokalnymi przewodnikami udali się na wzgórza na północ od jeziora Izabal, gdzie ich przewodnicy zostawili ich na pastwę losu. Ekspedycja zaginęła na wzgórzach i była bliska śmierci głodowej, zanim schwytali chłopca, który wyprowadził ich w bezpieczne miejsce.

Cortés znalazł wioskę na brzegu jeziora Izabal, prawdopodobnie było to Xocolo. Przekroczył rzekę Dulce i wszedł z kilkunastoma towarzyszami do osady Nito, znajdującą się w zatoce Amatique. Czekał tam, aż reszta jego armii przegrupuje się w ciągu następnego tygodnia.

W tym czasie liczebność ekspedycji zmniejszyła się do kilkuset osób. Cortésowi udało się skontaktować z Hiszpanami, których szukał, ale okazało się, że oficerowie Cristóbala de Olida już stłumili jego bunt.

Cortés skonstruował improwizowaną brygantynę i wspiął się na rzekę Dulce do jeziora Izabal z około 40 Hiszpanami i kilkoma Indianami. Początkowo sądził, że dotarł nad Pacyfik, ale wkrótce zdał sobie sprawę ze swojego błędu. Pomaszerował on w głąb lądu i walczył z tubylcami w mieście Chacujal nad rzeką Polochic. Zdobył obfite zapasy żywności i wysłał je z powrotem do Nito w brygantynie. Zbudował tratwy, by przewozić zapasy z powrotem w dół rzeki i wrócił z nimi do Nito, podczas gdy większość jego ludzi maszerowała lądem. Następnie Cortés wrócił do Meksyku drogą morską.

W 1537 roku obszar bezpośrednio na północ od nowej kolonii Gwatemali był nazywany Tierra de Guerra („Kraina Wojny”). Był on jednocześnie znany (co było paradoksem) jako Verapaz („Prawdziwy pokój”). Kraina wojny był to region gęstego lasu, który był dla Hiszpanów trudny do wojskowej penetracji.

Ilekroć Hiszpanie lokalizowali ośrodek tubylczej ludności w tym regionie, mieszkańcy byli przenoszeni i skupiani w nowej kolonialnej osadzie w pobliżu skraju dżungli, gdzie Hiszpanie mogli ich łatwiej  kontrolować.

Ta strategia doprowadziła do stopniowego wyludniania lasu, przekształcając go jednocześnie w dzikie schronienie dla uciekających przed hiszpańską dominacją, zarówno dla pojedynczych uchodźców, jak i dla całych społeczności.

Kraina wojny od XVI do początku XVIII wieku, obejmowała rozległy obszar od Sacapulas na zachodzie po Nito na wybrzeżu Karaibów i rozciągała się na północ od Rabinal i Salamá i była obszarem pośrednim między wyżynami a północnymi nizinami. Obejmuje ona współczesne departamenty Baja Verapaz i Alta Verapaz, Izabal i Petén, a także wschodnią część El Quiché i część meksykańskiego stanu Chiapas. Zachodnia część tego obszaru była terytorium zamieszkałym przez Majów Qʼeqchiʼ.

Pedro Orozco, przywódca ludów Mam z Sacatepéquez z departamentu San Marcos udzielił dominikanom pomocy w ich kampanii na rzecz pokojowej kapitulacji mieszkańców Verapaz.

1 maja 1543 roku hiszpański król Karol V Habsburg nagrodził ludzi Mam z Sacatepéquez, wydając królewski dekret, w którym obiecał, że nigdy nie wprowadzi tam encomienda (niewolniczego systemu gospodarowania i kontroli nad ludnością indiańską na podbitych przez Hiszpanię posiadłościach kolonialnych w Ameryce Łacińskiej).

Bartolomé de las Casas, dominikanin, który przybył do kolonii Gwatemali w 1537 r., natychmiast po dotarciu na miejsce rozpoczął kampanię mającą na celu zastąpienie brutalnego podboju militarnego pokojową pracą misyjną.

Las Casas zaproponował, że dokona podboju Kraju Wojny poprzez głoszenie wiary katolickiej (to dominikanie promowali używanie nazwy Verapaz zamiast Land of War). Ze względu na to, że ziemi nie udało się podbić środkami militarnymi, gubernator Gwatemali Alonso de Maldonado zgodził się na podpisanie kontraktu, obiecując, że w przypadku powodzenia strategii Las Casas nie utworzy nowych encomiendów na tym obszarze. Las Casas i grupa braci dominikanów osiedlili się w Rabinal, Sacapulas i Cobán i zdołali nawrócić kilku tubylczych wodzów, stosując strategię nauczania indiańskich kupców chrześcijańskich pieśni. Ci kupcy następnie zapuszczali się na obszar Kraju Wojny.

W ten sposób zgromadzili grupę chrześcijańskich Indian w miejscu dzisiejszego miasta Rabinal. Las Casas odegrał kluczową rolę we wprowadzeniu w 1542 roku Nowych Praw, ustanowionych przez Koronę Hiszpańską w celu kontrolowania ekscesów konkwistadorów i kolonistów przeciwko rdzennym mieszkańcom obu Ameryk. W rezultacie dominikanie napotkali znaczny opór ze strony hiszpańskich kolonistów, którzy widzieli, że ich własne interesy są zagrożone przez Nowe Prawa. Odwróciło to uwagę dominikanów od ich wysiłków zmierzających do ustanowienia pokojowej kontroli nad Ziemią Wojny.

W 1543 r. w Chi Monʼa założono nową kolonialną osadę Santo Domingo de Cobán, aby pomieścić tam m.in. przeniesionych z Chichen ludzi wywodzących się w grupy Kekchi.

Osada Santo Tomás Apóstol została założona w tym samym roku w Chi Nim Xol i była używana w 1560 roku jako redukcja do przesiedlenia społeczności Chʼol z Topiltepeque i Lacandon w dolinie Usumacinta.

W 1555 roku ludzie z Acala Chʼol i ich sojusznicy z Lacandon zabili hiszpańskiego zakonnika Domingo de Vico. De Vico założył mały kościół wśród mieszkańców San Marcos, regionu leżącego między terytoriami Lacandon i Manche Chʼol (obszar niezwiązany z departamentem San Marcos). De Vico obraził miejscowego władcę, wielokrotnie zbeształ go za wzięcie kilku żon. Lokalny przywódca strzelił zakonnikowi strzałą w gardło. Wściekli tubylcy pochwycili go, rozcięli mu pierś i wyciągnęli serce. Jego zwłoki następnie ścięto - tubylcy zdjęli mu głowę, której Hiszpanie nigdy nie odzyskali. W odpowiedzi ruszyła ekspedycja karna, na czele której stał Juan Matalbatz, przywódca ludu Kekchi z Chamelco. Niezależni Indianie schwytani przez ekspedycję Qʼeqchiʼ zostali zabrani z powrotem do Cobán i przesiedleni do redukcji Santo Tomás Apóstol.

Gil González Dávila wyruszył z karaibskiej wyspy Hispaniola na początku 1524 roku z zamiarem zbadania karaibskiego wybrzeża Nikaragui.

Jego kurs zaprowadził go na północne wybrzeże Hondurasu. Po założeniu Puerto de Caballos Gil Gónzalez popłynął na zachód wzdłuż wybrzeża do zatoki Amatique i założył hiszpańską osadę gdzieś w pobliżu rzeki Dulce, na terenie dzisiejszej Gwatemali, którą nazwał San Gil de Buena Vista. Rozpoczął kampanię podboju w górzystym regionie oddzielającym Honduras od Gwatemali. González zostawił część swoich ludzi pod dowództwem Francisco Riquelme w San Gil de Buena Vista i popłynął z powrotem na wschód, wzdłuż wybrzeża, do Hondurasu.

Koloniści w San Gil nie prosperowali zbyt dobrze i wkrótce wyruszyli w poszukiwaniu bardziej gościnnego miejsca. Osiedlili się w ważnym rdzennym mieście Nito, niedaleko ujścia rzeki Dulce. Chociaż znajdowali się w fatalnym stanie i niemalże głodowali, kiedy Cortés przechodził tam tędy w drodze do Hondurasu, wciąż tam byli. Następnie dołączyli się do wyprawy hiszpańskiego zdobywcy Meksyku.

Dominikanie osiedlili się w Xocolo nad brzegiem jeziora Izabal w połowie XVI wieku. Xocolo okryło się niesławą wśród dominikańskich misjonarzy z powodu praktykowania czarów przez jego mieszkańców. Do 1574 r. był najważniejszym punktem postojowym europejskich wypraw w głąb kraju i pozostawał nim aż do 1630 r.

W 1598 roku Alfonso Criado de Castilla został gubernatorem Królestwa Gwatemali. Z powodu złego stanu Puerto de Caballos po uzyskaniu królewskiej zgody Criado de Castilla nakazał budowę nowego portu o nazwie Santo Tomás de Castilla w dogodnym miejscu w zatoce Amatique. Następnie rozpoczęto prace nad budową autostrady prowadzącej z portu do nowej stolicy kolonii, współczesnej Antigui Guatemala.

Miejscowi przewodnicy badający trasę z wyżyn nie chcieli zapędzać się w dół rzeki, gdyż obszar ten był zamieszkiwany przez wrogo nastawionych ludzi Toquegua.

Przywódcy Xocolo i Amatique przekonali społeczność Toquegua do osiedlenia się na wybrzeżu Amatique w kwietniu 1604 r. Nowa osada natychmiast doznała spadku liczby ludności, ale chociaż w niektórych źródłach podawano, że Amatique Toquegua wymarła przed 1613 r., w 1625 roku wciąż zajmowali się nią Mercedariusze.

W 1628 r. miasta zamieszkałe przez ludność z grupy Manche Chʼol przeszły pod zarząd gubernatora Verapaz, z Francisco Moránem jako głową kościoła. Morán opowiadał się za bardziej zdecydowanym podejściem do konwersji Manche na katolicyzm. Przeniósł on hiszpańskich żołnierzy w ten rejon, aby chronić się przed atakami Majów Itza z północy.

Nowy garnizon hiszpańskich wojsk na obszarze, na którym wcześniej nie było silnej hiszpańskiej obecności militarnej, sprowokował ludzi Manche do buntu, po którym nastąpiło porzucenie rdzennych osad.

Po 1699 r. sąsiednia grupa Toquegua nie istniała już jako odrębny lud z powodu połączenia wysokiej śmiertelności i małżeństw z Indianami Amatique. Mniej więcej w tym czasie Hiszpanie zdecydowali się na redukcję niezależnych (lub „dzikich” z hiszpańskiego punktu widzenia) Mopan Maya żyjących na północ od jeziora Izabal. Północny brzeg jeziora, choć żyzny, był już wtedy w dużej mierze wyludniony, dlatego Hiszpanie planowali poprowadzić Mopan na północ, w miejsce, gdzie można by było łatwiej ich kontrolować.

Podczas kampanii mającej na celu podbój ludzi Itza z Petén, Hiszpanie wysyłali wyprawy, aby nękać i przenosić Mopan na północ od jeziora Izabal. Natomiast Majów Chʼol  z lasów Amatique na wschód. Zostali oni przesiedleni do kolonialnej redukcji San Antonio de las Bodegas na południowym brzegu jeziora oraz do San Pedro de Amatique.

W drugiej połowie XVIII wieku rdzenna ludność tych miast zniknęła; miejscowi mieszkańcy składali się teraz wyłącznie z Hiszpanów, Mulatów i innych ras mieszanych, wszystkich związanych z fortem Castillo de San Felipe de Lara strzegącym wejścia do jeziora Izabal. Główną przyczyną drastycznego wyludnienia obszaru jeziora Izabal i delty Motagua były ciągłe ataki band Miskito Sambu z wybrzeża Karaibów, które zniszczyły populację Majów w regionie. Schwytani Majowie zostali natomiast sprzedani w niewolę. Praktyka ta była rozpowszechniona wśród ludzi z grupy Miskito.

Od 1527 r. Hiszpanie byli coraz bardziej aktywni na półwyspie Jukatan, zakładając do 1544 roku szereg kolonii i miast, w tym Campeche i Valladolid na terenie dzisiejszego Meksyku. Hiszpański wpływ na północnych Majów, obejmujący inwazję, epidemie i wywóz nawet 50 000 niewolników spowodował, że wielu Majów uciekło na południe, aby dołączyć do Majów Itza wokół jeziora Petén Itzá, znajdującym się na obszarze dzisiejszej Gwatemali. Hiszpanie zdawali sobie sprawę, że Majowie Itza stali się zarzewiem antyhiszpańskiego oporu.

Dlatego też przez ponad 200 lat prowadzili oni politykę okrążania ich królestwa i odcinania szlaków handlowych.

Itza opierali się tym działaniom, poprzez rekrutację tubylców spośród sąsiednich ludów, którzy stawali się ich sojusznikami przeciwko hiszpańskiemu naporowi.

Misjonarze dominikańscy działali w Verapaz i w południowym Petén od końca XVI do XVII wieku, próbując nawracać bez użycia przemocy tamtejsze ludy tubylcze. Działania te przynosiły raczej ograniczone rezultaty.

W XVII wieku franciszkanie doszli do wniosku, że pacyfikacja i chrześcijańskie nawrócenie Majów nie będzie możliwe tak długo, jak lud Itza utrzymywał się nad jeziorem Petén Itzá.

Ciągły napływ uciekinierów przybywających z terytoriów zajętych przez Hiszpanów w poszukiwaniu schronienia wśród ludzi Itza był drenażem dla encomiendas.

Fray Bartolomé de Fuensalida odwiedził Nojpetén w 1618 i 1619 r. Franciszkańscy misjonarze próbowali wykorzystać swoją własną reinterpretację proroctw kʼatun, aby przekonać króla Majów Itza Aj Kan Ekʼa i jego kapłanów, że nadszedł czas na nawrócenie. Ale kapłani Itza inaczej zinterpretowali proroctwa i misjonarze mieli szczęście, że udało im się przeżyć.

W 1695 roku władze kolonialne postanowiły połączyć prowincję Gwatemalę z Jukatanem, a żołnierze Gwatemali podbili szereg społeczności Chʼol, z których najważniejszą jest Sakbʼajlan nad rzeką Lacantún we wschodnim Chiapas (obecnie na terytorium Meksyku).

Brat franciszkanin Andrés de Avendaño nadzorował drugą próbę pokonania ludu Itza w 1695 roku, przekonując ich króla, że ​​Kʼatun 8 Ajaw, dwudziestoletni cykl kalendarzowy Majów rozpoczynający się w 1696 lub 1697 roku, był odpowiednim czasem, aby lud Itza ostatecznie przyjął Chrześcijaństwo i uznał króla Hiszpanii jako swojego zwierzchnika.

Jednak lud Itza oparł się tej konwersji, a Avendaño w 1696 roku miał szczęście ujść z życiem. Ciągły opór Itza stał się poważnym kłopotem dla hiszpańskich władz kolonialnych. Dlatego też Hiszpanie wysłali żołnierzy z Campeche, aby raz na zawsze zajęli Nojpetén.

Hiszpański konkwistador Martín de Ursúa y Arizmendi przybył na zachodni brzeg jeziora Petén Itzá ze swoimi żołnierzami w lutym 1697 r. Zbudował tam galeotę - dużą i ciężko uzbrojoną łódź szturmową napędzaną wiosłem. Stolica ludów Itza padła w wyniku szturmu z 13 marca 1697 roku.

Hiszpańskie bombardowania spowodowały ciężkie straty w ludziach na wyspie. Wielu Majów z grupy Itza, którzy wskoczyli do jeziora, zginęło w wodzie.

Po bitwie obrońcy miasta, którym udało się ujść z życiem uciekli do lasów, pozostawiając Hiszpanów, którzy zajęli opuszczone przez Majów miasteczko. Królowie Ajaw Kan Ekʼ i Aj Kowoj zostali wkrótce schwytani wraz z innymi wielmożami Majów i ich rodzinami.

Z Nojpetén, bezpiecznie znajdującym się w rękach Hiszpanów Ursúa y Arizmendi wrócił do Campeche, zostawiając na wyspie mały garnizon, odizolowany od wrogich plemion Itza i Kowoj, którzy nadal dominowali na kontynencie. Nojpetén zostało przemianowane przez Hiszpanów na Nuestra Señora de los Remedios y San Pablo, Laguna del Itza („Matka Boża Lecznicza i Święty Paweł, Jeziora Itza”).

Garnizon został wzmocniony w 1699 r. przez wyprawę wojskową z Gwatemali, której towarzyszyli cywile z rasy mieszanej ladino. Przybyli oni, aby założyć własne miasto wokół obozu wojskowego. Osadnicy przynieśli ze sobą choroby, które zabiły wielu żołnierzy i kolonistów oraz zaraziły rdzenną ludność.

Gwatemalczycy pozostali tam zaledwie przez trzy miesiące zanim powrócili do Santiago de los Caballeros de Guatemala, zabierając ze sobą pojmanego króla Itza wraz z synem i dwoma kuzynami. Kuzyni zginęli podczas długiej podróży do stolicy kolonialnej. Ajaw Kan Ekʼ i jego syn spędzili resztę życia w areszcie domowym w stolicy.

Pod koniec XVII wieku niewielka populacja Majów Chʼol  w południowym Petén i Belize została siłą przeniesiona do Alta Verapaz, gdzie ludność ta została wchłonięta przez Majów Kekchi.

Ludy Chʼol z dżungli Lacandon zostały przesiedlone do Huehuetenango na początku XVIII wieku. Katoliccy księża z Jukatanu w latach 1702–1703 założyli kilka miast misyjnych wokół jeziora Petén Itzá. Ocaleni Majowie Itza i Kowoj zostali przesiedleni do nowych miast kolonialnych dzięki mieszance perswazji i siły.

Przywódcy Kowoj i Itza w tych misyjnych miastach zbuntowali się przeciwko swoim hiszpańskim władcom w 1704 r. Mimo iż bunt był dobrze zaplanowany, bardzo szybko został stłumiony. Jego przywódcy zostali straceni, a większość miast misyjnych została opuszczona. Do 1708 r. tylko około 6 000 Majów pozostało w centrum Petén, w porównaniu z dziesięciokrotnie większą liczbą w 1697 r. Chociaż za większość zgonów odpowiadały choroby, swoją rolę odegrały również hiszpańskie wyprawy i wojny wewnętrzne między rdzennymi grupami.

29 września 1717 roku Gwatemalę nawiedziło trzęsienie ziemi o magnitudzie 7,4 stopnia w skali Richtera.

Trzęsienie ziemi w zasadzie zniszczyło większość architektury miasta Antigua Guatemala, która była wówczas stolicą kolonialną Ameryki Środkowej. Zrujnowało ono ponad 3000 budynków, w tym wiele świątyń i kościołów. Skutek katastrofy był taki, że władze rozważały przeniesienie swojej siedziby do osady mniej podatnej na klęski żywiołowe. Po kolejny silnym trzęsieniu ziemi, które nawiedziło Gwatemalę 29 lipca 1773 roku i które było częścią całej sekwencji wstrząsów, które trwały od czerwca do grudnia 1773 roku hiszpańskie władze zdecydowały się przenieść stolicę do miasta Asuncion, które dzisiaj znane jest jako Gwatemala.