W 2016 roku z prestiżowego magazynu wycofano artykuł, w którym stwierdzono, że leczenie myszy szczepionką przeciw wirusowi brodawczaka ludzkiego wpływa na układ nerwowy. Liczni krytycy zaczęli głosić, że są to teorie pseudonaukowe i potencjalnie niebezpieczne, ponieważ taka publikacja może tworzyć w społeczeństwie błędne pojęcie o połączeniu zdrowia i szczepień. Redakcja opublikowała krótki komentarz na ten temat na stronie internetowej dot. artykułu.

11 listopada 2016 w czasopiśmie Scientific Reports opublikowano artykuł autorstwa japońskiego zespołu kierowanego przez Toshihiro Nakajima z Uniwersytetu Medycznego w Tokyo. Opisuje on, jak myszom wstrzyknięto duże ilości szczepionki przeciwko ludzkiemu wirusowi brodawczaka. Dawki zawierały toksyny, co sprawiało, że bariery ochronne miedzy układem krążenia, a układem nerwowym były „słabe”, albo w ogóle nie istniały. W związku z powyższym, zwierzęta doznawały uszkodzeń mózgu i stawały się mniej mobilne.

Wkrótce po ujawnieniu tych rewelacji, ruszyła lawina krytyki ze strony świata nauki. Wskazywano na problemy z planem eksperymentalnym. Mówiono o ilości substancji wejściowych zawierających toksyny oraz podnoszono problem rozbieżności między wynikami, a opisem podanych danych.

Zespół japońskich uczonych nie dawał jednak za wygraną. Badacze zadeklarowali, że dostarczą bardziej szczegółowe dane na temat przeprowadzonych przez nich eksperymentów. Negatorzy odpowiedzieli jednak, że „eksperymentalne podejścia nie są zgodne z celami pracy” i „jednoczesne podawanie toksyny krztuśca i szczepionki przeciwko wirusowi brodawczaka ludzkiego nie jest właściwe do określenia uszkodzenia układu nerwowego". Zespół kierowany przez Toshihiro Nakajima nie zgadza się z decyzją redakcji magazynu.

Wcześniej naukowcy udowodnili, że wirus brodawczaka ludzkiego zwiększa ryzyko raka szyjki macicy u kobiet, które nie są nosicielami patogenu. Działające w Japonii organizacje antyszczepionkowe wymusiły na Ministerstwie Zdrowia, Pracy i Opieki Społecznej, aby to zrezygnowało z promowania używania szczepionki przeciwko ww. chorobie w 2013 roku. Okazało się, że nawet w regionach z najbardziej korzystną sytuacją, gdzie odsetek zaszczepionych dziewcząt osiągnął 70%, zainteresowanie szczepieniami spadło do zera. W rezultacie w Japonii może zmniejszyć się częstość występowania zachorowań. Obecnie choroba rozpoznawana jest u 9 tys. kobiet rocznie w tym kraju, co prowadzi do 3 tys. zgonów rocznie.