Pierwszy dowód na istnienie ludzkich osad w Gwatemali pochodzi z okresu około 10 tys. lat p.n.e., chociaż groty strzał wykonane z obsydianu znalezione na tamtejszych stanowiskach archeologicznych mają dowodzić, że ludzkie osady na obszarze dzisiejszej Gwatemali można datować nawet na okres 18 tys. lat p.n.e. Pierwsze ludzkie osady na terytorium Gwatemali składały się z myśliwych i zbieraczy. Miejsca z okresu ponad 6 tys. lat przed Chrystusem zostały odnaleziono w Quiche w górach Sierra Madre de Chiapas oraz w Sipacate i Escuintla na wybrzeżu Oceanu Spokojnego. Według próbek pyłku pozyskanych z Peten oraz z wybrzeża Pacyfiku, te grupy zbieraczy oraz myśliwych zaczęły uprawiać kukurydzę już 3500 lat przed naszą erą.

Do roku 2500 p.n.e. małe osady ludzkie rozwijały się na gwatemalskich nizinach wzdłuż wybrzeży Oceanu Spokojnego, w miejscach takich jak Tilapa, La Blanca, Ocos, El Mesak i Ujuxte, gdzie znaleziono najstarsze fragmenty ceramiki z Gwatemali. Najwcześniejsze cywilizacje Majów zaczęły pojawiać się na obszarze dzisiejszej Gwatemali już około 2000 r. p.n.e. Rozrastały się wtedy tętniące życiem miasta-państwa a sieci handlowe obejmowały duże obszary dzisiejszej Ameryki Środkowej oraz Meksyku. Oprócz godnej uwagi architektury, Majowie opracowali także złożony kalendarz, pismo hieroglificzne oraz zgromadzili imponujący zbiór wiedzy naukowej.

Epokę przedkolumbijską w Gwatemali można podzielić na okres przedklasyczny (od 2000 r. p.n.e. do 250 r. n.e.), okres klasyczny (od 250 r. n.e. do 900 r. n.e.) i okres poklasyczny (od 900 r. n.e. do 1500 r. n.e.)

W okresie przedklasycznym Majowie rozwinęli dodatkowe umiejętności rolnicze i artystyczne. Uważa się, że byli oni pod wpływem kultury Olmeków z Meksyku, kultury, która była często określana jako "kultura macierzysta" Mezoameryki. Olmekowie budowali piramidalne struktury i duże kamienne głowy. Oba te typy obiektów były ważnymi aspektami kultury Majów.

Majowie stawali się coraz to lepszymi rolnikami. Wykorzystywano uprawę tarasów, rowy melioracyjne a nawet rozwój nawozów. Lepsza produkcja żywności oznaczała większą jej ilość, a więcej jedzenia oznaczało więcej czasu dla ludzi na inne zajęcia, takie jak nauka pisania, matematyki, astronomii czy też architektury.

W środkowym okresie przedklasycznym (1000 r. p.n.e. do 300 r. p.n.e.) populacja Majów nadal rosła. Około 500 r. p.n.e. miasto Nakbe, znajdujące się obecnie w Departamencie Peten stało się jednym z pierwszych prawdziwych miast Majów. W tym czasie inne osady, takie jak Tikal, Cival czy też El Mirador budowały swoje pierwsze ceremonialne i astronomiczne struktury. Uważa się, że w tamtym czasie w całym regionie istniał wspólny język oraz system wierzeń, które to scalały społeczeństwo, zapewniając mu w ten sposób warunki niezbędne dla dalszego rozwoju.

Późny okres przedklasyczny trwał od około 300 r. p.n.e do roku 250 n.e. Okres ten charakteryzował się dalszym rozwojem miasta Nakbe, który trwał do około 100 r. p.n.e., kiedy to uwaga zaczęła się skupiać na mieście El Mirador, znajdującym się 12 kilometrów na północ od Nakbe. El Mirador stało się miastem liczącym około 100 tys. mieszkańców.

Społeczeństwo Majów było wówczas bardzo rozwarstwione. Władcy i szamańscy kapłani odprawiali ceremonie religijne oparte na wydarzeniach astronomicznych i kalendarzowych. Rozwijały się również specjalistyczne zawody takie jak pisarstwo, architektura, rolnictwo i kupiectwo. Działalność rolnicza nadal ulegała intensyfikacji ze względu na proces nawadniania przy użyciu dużych zbiorników i sieci kanałów.

Pod koniec okresu przedklasycznego region ten dotknęły katastrofy ekologiczne oraz wojny. El Mirador zostało opuszczone w 150 r. n.e. kiedy to susza zniszczyła produkcję rolną w regionie. Erupcja wulkanu Ilopango w Salwadorze sprawiła, że duża część regionu została pokryta popiołem co doprowadziło do opuszczenia miasta Kaminaljuyú, do którego doszło około 250 r. n.e. Erupcja Ilopango spowodowała także, że handel pomiędzy Meksykiem a Majami został zakłócony i przekierowany do miast na nizinnych terenach znajdujących się na północy dzisiejszej Gwatemali.

Okres klasyczny, który trwał od 250 do 900 r. n.e. odznaczał się największymi osiągnięciami cywilizacji Majów, takim jak przyjęcie Długiego Kalendarza i unikalnej formy pisma. W okresie klasycznym zbudowano wszystkie miasta, świątynie i pałace, które obecnie znajdują się w ruinie.

Duża część wiedzy, jaką posiadamy na temat tego okresu, pochodzi ze steli - dużych rzeźbionych pomników, które utrwalały życie władców i wydarzenia historyczne, które miały miejsce za ich życia.

Teotihuacán, miasto-państwo w środkowym Meksyku, liczące 250 000 mieszkańców, było bardzo wpływowe w okresie klasycznym. Chociaż z technicznego punktu widzenia Teotihuacán nie jest częścią kultury Majów, wysłało ono jednak uzbrojonych kupców, czyli pochtecę, aby szerzyli swoją władzę w miejscach takich jak Jukatan i Petén. W Tikal i Copán w 378 i 426 roku n.e. powstały nowe dynastie, które zapoczątkowały nowe wierzenia religijne i style architektoniczne.      

W VI wieku wpływ Teotihuacán zaczął słabnąć. Mniej więcej w tym czasie Tikal i Calakmul dominowały w regionie i zaczęły walczyć między sobą o władzę. Calakmul ostatecznie wygrało z Tikal w 562 r. n.e., tworząc sojusz z Caracolem (znajdującym się obecnie w Belize). Zwycięstwo wstrzymało prace budowlane w Tikal na następne 130 lat. Katastrofalną porażkę Tikal w wojnie z Caracolem i Calakmul obrazuje "Ołtarz 21", kamienny pomnik znajdujący się w stanowisku archeologicznym Caracol.

Po wielkim zwycięstwie Caracol szybko się rozrósł i część populacji Tikal mogła zostać tam przymusowo przeniesiona.

W 629 r. Tikal założyło około 110 kilometrów na południowy-zachód od siebie placówkę wojskową Dos Pilas w celu kontroli handlu wzdłuż rzeki Pasión. B'alaj Chan K'awiil zasiadł na tronie nowej placówki w wieku czterech lat, w 635 roku.

Mniej więcej dwadzieścia lat później, Dos Pilas zostało zaatakowane i pokonane przez Calakmula. B'alaj Chan K'awiil został schwytany przez króla Calakmul, ale zamiast złożyć go w ofierze, został on przywrócony na tron ​​jako wasal swojego byłego wroga.

Zaatakował on Tikal w 657 roku, zmuszając Nuun Ujol Chaak, ówczesnego króla Tikal, do tymczasowego opuszczenia miasta.

Pierwsi dwaj władcy Dos Pilas nadal używali glifu Tikal Mutal i prawdopodobnie uważali, że mają uzasadnione roszczenia do tronu samego Tikal. Z jakiegoś powodu B'alaj Chan K'awiil nie został wybrany na nowego władcę Tikal; zamiast tego zatrzymał się w Dos Pilas. Tikal kontratakował na Dos Pilas w 672 roku, doprowadzając B'alaj Chan K'awiila do wygnania, które trwało pięć lat.

W 682 roku Jasaw Chan K'awiil I postawił w Tikal pierwszy od 120 lat datowany pomnik i uzyskał tytuł kaloomte. Zainicjował program nowej konstrukcji i zwrócił się przeciwko Calakmulowi, wygrywając z nim wojnę w 695 roku, wtrącając tym samym nieprzyjacielskie państwo w okres upadku, po którym nigdy się ono już nie odrodziło.

W VIII wieku Jasaw Chan K'awiil I i jego spadkobierca Yik'in Chan K'awiil kontynuowali działania wojenne przeciwko Calakmul i jego sojusznikom i narzucili silną kontrolę regionalną nad obszarem wokół Tikal, sięgającym aż do terytorium wokół jeziora Petén Itzá. Ci dwaj władcy są odpowiedzialni za znaczną część imponującej architektury, którą możemy podziwiać do dzisiaj.

W 738 roku Quiriguá, wasal Copán, kluczowego sojusznika Tikal na południu, przeszedł na stronę Calakmul, pokonał Copána i uzyskał niezależność. Wygląda na to, że był to świadomy wysiłek ze strony Calakmul, aby doprowadzić do upadku południowych sojuszników Tikal.

W VIII wieku władcy Tikal zebrali pomniki z całego miasta i wznieśli je przed Akropolem Północnym. Pod koniec VIII i na początku IX wieku aktywność w Tikal spadła. Nadal budowano imponującą architekturę, ale niewiele inskrypcji hieroglificznych odnosi się do późniejszych władców.

W IX wieku kryzys klasycznych Majów ogarnął cały region, a liczba ludności zaczęła gwałtownie spadać.

Coraz częstsze wojny w regionie zamieszkałym przez cywilizację Majów spowodowały, że populacja wspierająca Tikal mocno skoncentrowała się w pobliżu samego miasta, przyspieszając wykorzystanie intensywnego rolnictwa oraz doprowadzając do degradacji środowiska naturalnego.

W drugiej połowie IX wieku podjęto próbę ożywienia władzy królewskiej w znacznie podupadającym mieście Tikal, o czym świadczy stela wzniesiona na Wielkim Placu przez Jasawa Chana K'awiila II w 869 roku. Był to ostatni pomnik wzniesiony w Tikal, zanim miasto zostało całkowicie opuszczone.

Dawne satelity Tikal, takie jak Jimbal i Uaxactun również nie przetrwały zbyt długo, wznosząc swoje ostatnie pomniki w 889 roku.

Pod koniec IX wieku ogromna większość mieszkańców Tikal opuściła miasto, jego królewskie pałace były okupowane przez skłotersów, a na uroczystych placach miasta wznoszono proste domy kryte strzechą.

Po 950 roku Tikal było już prawie opuszczone, chociaż resztki populacji mogły przetrwać w nietrwałych chatach przeplatanych z ruinami. Ostatni mieszkańcy opuścili miasto w X lub XI wieku, a lasy deszczowe zarastały ruiny przez następne tysiąc lat. Część populacji Tikal mogła wyemigrować do regionu Peten Lakes, który pozostawał silnie zaludniony pomimo spadku liczby ludności w pierwszej połowie IX wieku.

Najbardziej prawdopodobną przyczyną upadku Tikal było przeludnienie i upadek rolnictwa. Upadek Tikal był ciosem w serce klasycznej cywilizacji Majów, miasta będącego w czołówce życia dworskiego, sztuki i architektury od ponad tysiąca lat, ze starożytną dynastią rządzącą.

Cywilizacja Majów zaczęła jednak tak naprawdę upadać już od około 750 r. Przyczyn tego możemy dopatrywać się w kwestiach społecznych i politycznych - miasta-państwa zaczęły intensyfikować między sobą działania wojenne, czego przyczyną było rozluźnienie więzów handlowych i sojuszy. Mimo to uważa się, że upadek cywilizacji Majów był wynikiem połączenia wielu czynników, nie tylko tych natury politycznej czy społecznej.

Jednym z istotnych aspektów tych procesów były kwestie środowiskowe. Pod koniec IX wieku niziny zamieszkałe przez Majów zostały mocno wylesione, co mogło wywołać poważną suszę w regionie. Wraz z suszą spadła produkcja żywności; rolnicy nie byli w stanie sprostać wymaganiom żywieniowym gęstych skupisk ludności. Uważa się również, że do upadku przyczynił się bunt chłopów i powszechna wojna między miastami-państwami, być może w wyniku malejących zasobów. Prawie wszystkie główne miasta Majów zostały opuszczone.

Pod koniec XIII wieku wyżyny Gwatemali zostały najechane przez Tolteków-Majów, ludu będącego wynikiem hybrydyzacji Tolteków ze środkowego Meksyku i Majów. Wcześniej pokojowe wioski Gwatemali powoli stawały się coraz bardziej wojownicze.

Ci najeźdźcy szybko stali się elitą rządzącą i założyli konkurujące ze sobą imperia, w tym K'iche ', Tzutjíl, Kaqchikel, Ixil, Mam, Pipil, Mam i Achi'. W miarę powstawania kolejnych plemion region stawał się coraz bardziej podzielony. Co ciekawe, te same podziały istnieją dziś w rdzennych grupach wyżynnych, głównie w formie języka i dialektu.

Z tych plemion dominowały K'iche 'i Kaqchikel. Cały region góralski był częścią wielkiej walki o władzę między rywalizującymi plemionami. Hiszpanie wykorzystali tę rywalizację na swoją korzyść, gdy przybyli tu w XVI wieku.